治療是抑制病毒，機體在接受藥物治療的時候，病毒為了避免被抑制也會發生一些變異。雖然耐藥變異是客觀存在的，但是耐藥變異是可以早期認識的，也可以早期預防，盡量將耐藥減少到最低程度，期待不出現變異是不現實的。

　　接受核苷類似物長期治療的病人都有發生病毒耐藥變異的可能，并隨用藥時間的延長而增加比例。但不同藥物產生耐藥變異概率和時間有較大差異，例如應用拉米夫定治療的患者中發生耐藥變異率較高，時間也可能較早。

　　治療過程中HBVDNA下降遲緩的患者往往會較早較多發生耐藥變異，更應密切觀察。可通過HBVDNA定期復檢而早期發現病毒反彈，即病毒載量下降后重新回升，這是發生耐藥變異的苗頭。

　　此時有條件的就應進行病毒耐藥變異的相關檢測，并及時調整治療方案，采取控制病毒耐藥的相應處理。對拉米夫定耐藥，可首選加用阿德福韋進行長期聯合治療或聯合治療顯效后單用阿德福韋繼續治療；也可改用恩替卡韋治療，但需要加大劑量至1mg（2片）/日。由于患者已存在有拉米夫定耐藥毒株，故發生恩替卡韋耐藥的可能明顯增加。

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